Po transformacji ustrojowej w latach 1989-1990 był prezydentem wybrany przez Zgromadzenie Narodowe. Jaruzelski był oskarżony o współudział w krwawym stłumieniu robotniczych wystąpień na Wybrzeżu w 1970 r. Jako min. obrony był też odpowiedzialny za udział polskiego wojska w inwazji na Czechosłowację w 1968 r. Większość Polaków kojarzy go głównie ze stanem wojennym, który wprowadził 13 XII 1981 i stanął na Czele Wojskowej Rady Ocalenia Narodowego.

Gen. Jaruzelski, ówczesny premier, I sekretarz KC Polskiej Zjednoczonej Partii Robotniczej, tłumaczył po latach, że jego decyzja o stanie wojennym była konieczna ze względu na kryzys gospodarczy, zastrzegającą się sytuację wewnętrzną i groźbę interwencji radzieckiej.

Przeciw generałowi toczył się proces dotyczący wprowadzenia stanu wojennego. Generał był oskarżony o zbrodnię komunistyczną, polegającą na kierowaniu „związkiem przestępczym o charakterze zbrojnym, mającym na celu popełnienie przestępstw”. Od paru lat Jaruzelski był wyłączony z procesu ze względu na zły stan zdrowia. Podobnie – w procesie dot. Odpowiedzialności za wydarzenia na Wybrzeżu w grudniu 1970 r.

Jaruzelski był wtedy ministrem obrony, Zginęło wówczas kilkadziesiąt osób. W 30. rocznicę Grudnia 70 generał powiedział, że czuję się moralnie odpowiedzialny za tę tragedię.

W 1985 r. Wojciech Jaruzelski ustąpił ze stanowiska premiera i objął funkcję przewodniczącego Rady Państwa. 4 lata później był głównym animatorem Okrągłego Stołu, choć nie uczestniczył w jego obradach. Oceniając to wydarzenie po latach, generał powiedział, że Okrągły Stół doprowadził do historycznej zgody między Polakami.