Dokładnie 600 lat temu rycerz Wierzbięta herbu Łodzia ufundował kościół pod wezwaniem św. ap. Piotra i Pawła w Krotoszynie. Dzięki czemu drewniana wówczas świątynia stała się pierwszą miejską parafią. Proboszczem został ks. Jakub, który prowadził lekcje w szkółce parafialnej – pierwszej szkole w mieście.

W drugiej połowie XVI w. właścicielem miasta został Jan Rozdrażewski, który oddał kościół braciom czeskim, a miejscowym katolikom zmusił do korzystania z kościoła św. Marii Magdaleny w Starym Krotoszynie. Za jego rządów w mieście powstały też dwie nowe świątynie – kościół pw. Fabiana i Sebastiana oraz kościół św. Jana Chrzciciela, które także miały trafić w ręce braci czeskich. Jednak po śmierci Jana Rozdrażewskiego wdowa po nim – Katarzyna z Potulickich – przeszła na katolicyzm i przekazała je kościołowi i rzymskiemu.

W 1601 roku parafię przeniesiono z drewnianego kościołka św. ap. Piotra i Pawła do murowanej świątyni pw. Jana Chrzciciela, która stała się krotoszyńską farą. Wtedy zaczął się upadek najstarszej świątyni w mieście, która straciła parafię i była uiszczona przez częste pożary. Dopiero jeden z kolejnych dziedziców miasta – Józef Potocki – w 1725 roku zarządził gruntowny remont drewnianego kościółka, który przekazał w ręce oo. Trynitarzom. W 1767 rozpoczęła się rozbiórka drewnianej świątyni i budowa – stojącego do dziś – murowanego gmachu. Ostatecznie nowa świątynia została konsekrowana 11 czerwca 1775 roku przez biskupa Ignacego Kozierowskiego.

Od momentu zajęcia miasta przez władze pruskie liczba trynitarzy przybywających w Krotoszynie zaczęła spadać. Drugie piętro budynku klasztornego zostało przez zaborcę zagospodarowane na magazyn, a zakonnicy sukcesywnie tracili kolejne pomieszczenia, które przerabiano na sądy i sale szpitalne dla chorych żołnierzy napoleońskich. Ostatecznie prusacy dokonali kasety zakonu i zagrabili jego majątek. Kościół ponownie stał się świątynią filialną, lecz do dziś przez mieszkańców Krotoszyna nazywany jest „klasztorem”.

Po odzyskaniu przez Polskę niepodległości wzrosła liczba mieszkańców Krotoszyna. 21 grudnia 1925 r. utworzono więc w mieście drugą parafię – właśnie przy kościele św. ap. Piotra i Pawła. Nie powołano jednak proboszcza i aż do lat 60. XX wieku każdy proboszcz parafii farnej był jednocześnie komentarzem parafii poklasztornej. Podczas II wojny światowej okupanci zamknęli wszystkie świątynie w Krotoszynie. W styczniu 1945 roku ks. Stefan Kukiełkiewicz odprawił w poklasztornym kościele pierwsze nabożeństwo po opuszczeniu miasta przez Niemców.

W 1966 roku ks. Czesław Olejniczak został pierwszy parafii pw. św. ap. Piotra i Pawła w Krotoszynie. Jego następcą był ks. Alojzy Stawski, po którym – w 1980 roku – proboszczem został ks. Leon Spaleniak. Przeprowadził on gruntowny remont świątyni oraz zakupił grunty przy Słodowej, na którym postawiono dom parafialny. Zaś w 2009 roku proboszcze Spaleniak przeszedł na emeryturę i zastąpił go ks. Dariusz Kowalek, który w latach 1999 – 2004 pełnił funkcję wikariusza. Za czasów jego probostwa w kościele rozpoczęły się prace remontowo –konserwatorskie mające na celu przywrócenie świątyni jej pierwotnego wyglądu.