Kościół pw. św. św. Apostołów Piotra i Pawła w Krotoszynie został wybudowany w latach 1767 – 1764 w stylu barokowym. Na przełomie wieków pełnił rolę świątyni dla niemieckich katolików. Po odzyskaniu niepodległości, w 1925 r., stał się siedzibą odrębnej parafii. Po jej utworzeniu nie powołano nowego proboszcza i aż do połowy lat 60. zarządzał nią proboszcza parafii farnej, który był jednocześnie komendarzem parafii św. Apostołów Piotra i Pawła.

W 1978 r. parafia nabyła na własność dom przy ulicy Klasztornej 3, który do dziś służy jako probostwo. W 1984 r. dokonano kapitalnego remontu wnętrza świątyni, a na przełomie lat 1998 – 1999 – gruntownego remontu wieży kościoła. Odnowiono też jego wnętrze przygotowując się do Wielkiego Jubileuszu, którego pamiątkową jest krzyż postawiony w 2000 r.

Ks. Leon Spaleniak był proboszczem w latach 1980 – 2009. Zastąpił go ks. kan. Dariusz Kowalek, który prowadził dalsze obszerne prace renowacyjno – konserwatorskie świątyni. Ks. Kowalek zmarł po zmarł po wypadku samochodowym 22 czerwca 2019 r.

Obecny kościół pw. św. Andrzeja Boboli został wzniesiony w latach 1789 – 1790 dla miejscowej gminy lauterańskiej na wzór kościoła ewangelickiego – augsburskiego św. Trójcy w Warszawie. Jest zbudowany na planie walca, nakryty kopułą, która dawniej była zwieńczeniem tzw. latarnią. Wokół świątyni są umieszczone rotundowe portyki. W 1995 zostały dobudowane dwie wieże i zmieniona forma głównego portyku. Wewnątrz są umieszczone 19-głosowe organy z 1874 r.

W okresie II Rzeczypospolitej świątynią władała parafia Ewangelicka Kościoła Unijnego. W 1945 r. została przejęta przez Kościół rzymskokatolicki i nadano jej wezwanie św. Andrzeja Boboli.

Parafia została utworzona w 1979 r. Pierwszym proboszczem w latach 1975 – 2009 był ks. kan. Sylwester Stempin, po nim od 1 lipca 2009 przyszedł ks. kan. Stanisław Mieszała.

• Cz, 25 Wrz 15:18
•   1946

Zmarł ks. kan. Sylwester Stempin

We wtorek, 23 września, odszedł ksiądz kanonik Sylwester Stempin, wieloletni proboszcz parafii p.w. św. Andrzeja Boboli w Krotoszynie. Miał 81 lat.

...

• Cz, 25 Wrz 15:18
•   1946

Zmarł ks. kan. Sylwester Stempin

We wtorek, 23 września, odszedł ksiądz kanonik Sylwester Stempin, wieloletni proboszcz parafii p.w. św. Andrzeja Boboli w Krotoszynie. Miał 81 lat.

...

• Cz, 25 Wrz 15:18
•   1946

Zmarł ks. kan. Sylwester Stempin

We wtorek, 23 września, odszedł ksiądz kanonik Sylwester Stempin, wieloletni proboszcz parafii p.w. św. Andrzeja Boboli w Krotoszynie. Miał 81 lat.

...