Świątynia została wybudowana ok. 1572 roku, w czasie, gdy na przedmieściu koźmińskim powstawał szpital. Przez krótki czas była w rękach braci czeskich, ale przed rokiem 1597 powrócił do katolików. W 1813 roku świątynia przeszła gruntowny remont lub została wybudowana od nowa. Wśród mieszkańców Krotoszyna znana jest jako „kościół św. Rocha” – ze względu na żywy kult tego świętego kościoła katolickiego w naszym rejonie. Święty Roch jest też patronem aptekarzy, lekarzy, rolników, szpitali i więźniów. Uważany jest również za opiekuna zwierząt domowych.

Parafia św. Jana Chrzciciela w Krotoszyna, która zarządza kościółkiem św. Rocha jest partnerem w unijnym projekcie mającym na celu rewaloryzację i konserwację drewnianych zabytków w naszym regionie. Projekt obejmuje 15 parafii i klasztor oo. Franciszkanów w Kaliszu. Remont krotoszyńskiego kościółka ma kosztować ponad 994 tys. zł. Większość tej kwoty – niemal 683 tys. zł – pochodzi z unijnego dofinansowania, natomiast gmina Krotoszyn przekazała na ten cel ponad 110 tys. zł.

W ramach remontu zostaną wykonane nowe fundamenty oblicowane od zewnątrz kamieniem, wymienione będą belki podwali nowe, a część ścian zostanie wzmocniona. Planowany jest również remont dachu, oczyszczenie i impregnacja drewna oraz rekonstrukcja historycznych grzymsów okapowych i na hełmie wierzy. Podłoga zostanie wymieniona, a okna i drzwi zrekonstruowane. W planach jest także renowacja głównego ołtarza, konfesjonałów i prospektu organowego. Roboty potrwają do końca roku.