Z 1303 roku pochodzi pierwsza wzmianka o Kobylinie jako mieście. Data samej lokacji pozostaje nieznana, doszło do niej jednak z pewnością wskutek starań ówczesnego właściciela, wojewody kaliskiego, Mikołaja Przedpełkowica z rodu Łodziów - być może doszło do niej jeszcze za panowania Przemysła II.

Pierwszą nazwą miasta była Wenecja. W przeszłości liczne jarmarki (do dziewięciu rocznie). Od 1456 roku w Kobylinie prowadzono szkołę przyklasztorną oo. Bernardynów. Jej absolwenci kierowali się zazwyczaj na studia do Krakowa. Byli wśród nich:
Maciej z Kobylina - nauczyciel Mikołaja Kopernika,
Piotr z Kobylina - profesor Uniwersytetu Krakowskiego, autor pierwszego znanego polskiego podręcznika, wydanego w 1541 roku O nauce ratowania położnic,
Andrzej Glaber - profesor Uniwersytetu Krakowskiego, lekarz.

Podczas powstania wielkopolskiego mieszkańcy zorganizowali kompanię ochotniczą, która brała udział w walkach o Zduny i Rawicz. Podczas II wojny światowej w mieście i okolicy toczyły się zacięte boje. Kobylin został zajęty przez Armię Czerwoną 23 stycznia 1945 roku, ale już następnego dnia Wehrmacht ponownie zajął miasto na kilka godzin. W latach 1975-1998 miasto administracyjnie należało do woj. leszczyńskiego.