W 1731 r. Kościół ten oraz stojący obok klasztor stał się ogniskiem życie religijnego i umysłowego, promieniował dziełami miłosierdzia. W 1819 r. Prusacy zlikwidowali klasztor i odkąd Kościół poklasztorny prowadził duszpasterstwo młodzieży szkół średnich oraz był kościołem garnirowanym 56 Pułku Piechoty Wlkp.. W 1925 r. została przy Kościele erygowana parafia, ale dopiero w 1966 r. uzyskała własnego proboszcza. Dokonania inwestycyjne:
1978 – parafia nabyła na własność dom przy ul. Klasztornej 3, obecnie służy jako probostwo.
1984 – kapitalny remont wnętrza Kościoła: nowe okna, podłoga, instalacje i odmalowanie świątyni.
1989 – ks. abp. Jerzy Stroba poświęcił nowo wybudowany dom parafialny.
1989/99 – kapitalny remont wieży Kościoła.
1999 – odnowienie wnętrza kościoła.
2000 – postawiono krzyż Jubileuszowy
2002 – nowa elewacja Kościoła

PROBOSZCZOWIE:
1966-1967 – Ks. Proboszcz Czesław Olejniczak
1968-1980 – Ks. Dziekan Alojzy Sławski
1980-2009 – Ks. Prałat Leon Spaleniak
2009- … - Ks. Dariusz Kowalek

ZABYTEK SZTUKI
Kościół Św. Ap. Piotra i Pawła, zbudowany według projektu architekta Karola Frantza – to cenny zabytek tzw. północnego baroku oraz najpiękniejszy pomnik architektury miasta Krotoszyna. Zaokrąglone prezbiterium, skośne ustawienie ołtarza, wygięta linia chóru nadają świątyni kształt owalu. Nad jednonawowym wnętrzem jest rozpięte żaglowe sklepienie. Płaszczyzny ścian są niespokojne. Wyrastają z nich pilastry – graniasto-słupowe filary oraz półkolumny zakończone korynckimi głowicami, trzony słupów i pilastrów są ozdobione rokokowymi ornamentami roślinnymi. Górą obiega świątynie potrójny gzyms. W głównym ołtarzu obraz Jezusa Nazareńskiego, czczonego przez trynitarzy, zakonnicy Ci opiekowali się jeńcami, niewolnikami, więźniami, dlatego Chrystus ręce spętane ma powrozem. W prezbiterium herby Potockich i mniszków oraz tablica upamiętniająca konsekrację świątyni. W bocznym ołtarzu starożytny, ludowy obraz Matki Boskiej Krotoszyńskiej, pochodzący z pierwotnej Fary. Ambona w kształcie łodzi. Na środku sklepienia obraz Trójcy-Trynitas. Kształtną i piękną wieżę wieńczy barkowy hełm.